O Grau de Doutor em História é conferido aos estudantes que obtiverem um total de 240 ECTS através de um documento único subscrito pelas quatro Universidades parceiras. A obtenção dos 240 créditos é feita ao longo de um programa de trabalhos de quatro anos que se distribui da seguinte forma:

• 60 créditos nos dois primeiros semestres letivos que conferem um Diploma de Estudos Avançados em História e o respetivo suplemento ao diploma, num documento único subscrito pelas quatro Universidades parceiras.
   
• 180 créditos nos restantes três anos através da elaboração, discussão e aprovação de uma tese de doutoramento, incluindo a participação em 6 seminários semestrais de acompanhamento e respetiva orientação.
   

O PIUDHist é assim um programa de doutoramento de quatro anos, organizado em duas fases. O primeiro ano corresponde a uma aprendizagem avançada no campo da História e à preparação do projeto de tese, culminando com a apresentação e discussão pública do mesmo. Os três anos restantes correspondem à fase de investigação, análise e escrita da tese.

Todo o processo de formação é sujeito a um acompanhamento permanente e exigente, de modo a garantir que os doutorandos desenvolvam:

• a capacidade de definir, planear e executar, de forma independente, investigação de carácter empírico e teórico;
• a capacidade de identificar os problemas cruciais para a compreensão das questões de permanência e transformação no âmbito da análise histórica comparativa;
• a capacidade de pesquisa e análise das fontes mais relevantes para a investigação a desenvolver;
• a capacidade de selecionar e aplicar os métodos de investigação mais atualizados e apropriados aos seus objetos de estudo;
• a capacidade de efetuar uma pesquisa e avaliação crítica da investigação publicada;
• a capacidade de apresentar ao público, oralmente e por escrito, as conclusões da sua investigação e os mais atualizados estados-da-arte;
• uma familiarização com as melhores práticas e culturas académicas internacionais da área disciplinar da História.

O PIUDHist constitui um doutoramento em História, sem qualquer menção de especialidade. Privilegia, no entanto, quatro eixos temáticos principais, a que correspondem os seus seminários de especialidade e formação:

• Dinâmicas Sociais e Estruturas Políticas;
• Instituições e Desenvolvimento Económico;
• Impérios, Colonialismo e Pós-colonialismo;
• Movimentos Intelectuais e Socioculturais.