Pedro Encarnação é Diretor Académico Adjunto dos Mestrados em Gestão e Professor Auxiliar (Afiliado) da CATÓLICA-LISBON - Universidade Católica Portuguesa (UCP). É também Professor Visitante da Universidad del Rosario, Bogotá, Colômbia.
Concluiu a sua Licenciatura em 1994, o Mestrado em 1998 e o Doutoramento em 2002, todos em Engenharia Electrotécnica e de Computadores no Instituto Superior Técnico - Universidade de Lisboa, Portugal.

Entre 2000 e 2013 esteve na Faculdade de Engenharia da UCP. Foi Diretor Adjunto da Faculdade de Engenharia entre 2002 e 2008 e coordenador da área de Matemática entre 2001 e 2013.
Em 2008/09 foi Professor Visitante (Investigador) na Faculty of Rehabilitation Medicine, University of Alberta, e no Glenrose Rehabilitation Hospital, ambos em Edmonton, Canadá.

Trabalhou no Dynamical Systems and Ocean Robotics Lab do Institute for Systems and Robotics, em Lisboa, em problemas de controlo não linear com aplicações a veículos autónomos oceanográficos.

Os seus interesses de investigação atuais incluem Engenharia da Reabilitação, nomeadamente tecnologias de apoio robóticas para pessoas com deficiência, e controlo não linear de veículos autónomos.